為提升“長吉圖”整體區域開放水平，促進吉林市外向型經濟和現代國際物流的發展，2014年4月，吉林市政府向長春海關申請設立吉林市保稅物流中心（B型）。同年10月，海關總署等四部委聯合批復同意建設吉林市保稅物流中心（B型）。項目于2015年5月開工建設，2016年7月28日通過海關總署等四部委的聯合驗收，2017年1月17日正式通關運行。成為吉林省首家保稅物流中心（B型）。

吉林市保稅物流中心（B型）是由吉林市保稅物流有限公司負責管理運營。吉林市保稅物流有限公司為吉林城建集團控股子公司，由吉林城建集團、吉林經濟技術開發區城市建設發展有限責任公司、吉林市鑫海實業有限公司共同出資成立。公司憑借保稅港區特有的功能優勢和政策優勢，積極融入國家“一帶一路”發展戰略，對地區的產業結構調整和轉型升級起到積極的促進作用，服務于廣大外貿進出口企業。公司重點發展保稅倉儲、口岸通關、保稅一日游、跨境電商、服務貿易和貨物貿易。采用“一站式”的報關報檢為進出口企業節省更多的物流成本和經營成本。通過發展跨境電子商務，從而帶動快遞、物流、包裝等附屬行業的發展。延長產業鏈，提升吉林地區整體現代服務業發展水平。憑借地緣優勢，結合“互聯網+”思維，引進韓國等大型跨境電商企業建立合作，打造跨境電商貿易平臺，將更多的優質進口商品引入國內的同時，把吉林本地的特色輸送到國外市場。致力成為東北亞地區貨物集散的中轉站和連接國內外市場的重要物流轉換樞紐，即“以出口貨物為龍頭的國際預配送中心、以進口貨物為主導的物流分撥中心、以進出口商品混合處理為特征的分銷轉運中心”。